Пектин способствует восстановлению адекватной микрофлоры кишечника, применяется для лечения ряда диспепсических расстройств (диарея, запоры, тошнота и рвота).
Также он предотвращает развитие инфекционно-воспалительных (в том числе аутоиммунных) и злокачественных пролиферативных заболеваний.
Исследования на детях выявили, что добавление пектинов в рацион при течении острых кишечных инфекций вызывает снижение продолжительности диареи, что улучшает общее состояние и снижает затраты здравоохранения на регидратационную терапию.
По данным китайских учёных, пектин нормализует адекватное соотношение среди различных представителей микрофлоры кишечника: угнетает жизнедеятельность патогенных и условно-патогенных форм (клостридии), стимулирует рост и размножение полезных бактерий. При адекватном микробиоценозе повышается работа всех пищеварительных ферментов и биологическая доступность ценных питательных веществ, поступаемых вместе с пищей.
Пектин не менее эффективен в отношении запоров. Прием 24 г. данного волокна в сутки на протяжении 1 месяца улучшает консистенцию каловых масс, повышает частоту стула (до 2 раз в день).
Японские эксперты также отмечают эффективность пектина в отношении течения гастроэзофагеальной рефлюксной болезни (ГЭРБ).
По данным исследований, пектин улучшает течение таких тяжёлых аутоиммунных патологий, как неспецифический язвенный колит и болезнь Крона. Эффекты, в большей степени, связаны с угнетением хронического воспаления в стенке кишечника и восстановлением микрофлоры.

Исследование, опубликованное в июньском номере Журнала детской хирургии за 2009 год, показывает, что пектин является эффективной частью программы лечения инконтиненции (недержания кала). Женщинам требуется от 21 до 25 г клетчатки, включая пектин, каждый день, а мужчинам - от 30 до 38 г пектиновой клетчатки ежедневно.

Уменьшение воспаления в организме очень важно, особенно когда речь идет о роли воспаления в образовании опухоли. Канцерогены вызывают первоначальные мутации ДНК, а затем окисление, воспаление и гормоны заставляют ее расти, и, наконец, происходит метастазирование, при котором рак распространяется по всему организму. Пектин помогает бороться со всеми тремя фазами роста опухоли, предполагая, что пектин также может усилить иммунную систему, чтобы помочь очистить любые зарождающиеся опухоли до их начала.